Нео никак не может отделаться от плохих сновидений о будущем свой возлюбленной - Тринити. Между тем, ситуация становится угрожающей - 250,000 машин бурят скважины в поисках Зиона - последнего оплота и надежды человечества, единственного города, который является опорой Сопротивления в многовековой борьбе людей против механизмов. И хотя Совет решает готовиться к контратаке своими силами, Морфеус убеждает горстку своих сторонников в ином способе покончить с Матрицей: избранный Нео, по пророчеству Оракула, может остановить войну, найдя серверную комнату Матрицы. Беда в том, что для подобной операции нужен Ключник (только он знает путь в неизведанное) снабженный парочкой охранников, превосходящей по возможностями даже Агентов. Кстати, один из них - Смит - не умер, а снова живее всех живых, и даже научился себя копировать...